Linux是單體內核，即將圖形、
驅動及文件系統等功能全在操作系統內核中實現，運行在內核狀態和同一地址空間，其優點是減少了進程間通信和狀態切換的系統開銷，獲得較高的運行效率；缺點是內核比較龐大！
WinCE是微內核，即在內核中實現基本功能，而將圖形系統、文件系統、設備驅動及通信等功能都放在內核之外，以系統服務的形式提供各種功能。其不足之處在于運行中用戶狀態和內核狀態須頻繁地切換，從而導致系統效率不如單體內核。
從以面介紹來說，很明顯在實時性來說，Linux要優于WinCE，但Linux方面做驅動、文件系統等，如
開發人員的水平不高，會嚴重影響系統的穩定性！
其實Linux跟WinCE各有優缺點，Linux內核穩定、網絡功能強大，網絡資源多，而且還免費。但不足的地方就是網絡上的免費資源大多是試用級，而不是產品級，N多BUG，以致讓Linux背了黑鍋！而操作不夠人性化、要OEM廠商開放源碼，這些是Linux跟WinCE競爭的劣勢。
而WinCE的強處在于開發人員從Windows轉過來很容易，開發工具集成、功能強大，而且界面美觀（但其實里面也有不少BUG）。但要收費這點是所有用WinCE的公司的心病，而且WinCE的穩定性也有待提高。
從開源的角度來看，Linux是完全開源的！而WinCE目前還沒做到完全開源！！
從開發的角度來看，Linux的開發難度較高。而WinCE的開發難度較低。
個人建議，如果有一個有實力而比較穩定的團體，開發一些長線產品，使用Linux會比較好。而實力差一些的公司，開發一些使用帶圖形界面的產品，用WinCE會比較好。